Sino al secolo scorso la vita della laguna di Santa Gilla è sempre stata regolata da eventi naturali.
Successivamente ha subito notevoli trasformazioni legate sia a fenomeni morfologici che ad interventi antropici di varia natura che hanno profondamente modificato la quantità e la qualità delle acque degli immissari che sfociano in laguna.
Già in epoca medioevale, vennero aperte due bocche di rifornimento: una in corrispondenza della Scafa e l'altra nella zona di Capoterra, di cui oggi non si rinviene traccia, essendosi interrata nel 1586.
Successivamente furono aperti sette canali di comunicazione con il mare che, ad eccezione di quello della Scafa erano attrezzati mediante impianti fissi (lavorieri); all'interno dello stagno si trovavano altre quattro peschiere che sono rimaste attive fino al 1920.
Appare perciò evidente l'importanza rivestita, già dalla fine del XVI secolo, dalla laguna di Santa Gilla ai fini della produzione ittica. Infatti fino agli anni '20 la superficie di 4000 ettari, utilizzata per l'allevamento estensivo con 11 impianti di cattura per la pratica della pesca vagantiva e di quella delle arselle, consentiva di ottenere produzioni di livello elevato.
La concessione dell'area stagnale, corrispondente all'odierno comprensorio di Macchiareddu, rilasciata ai sensi della legge n. 1209 del 20 agosto 1921, autorizzava la bonifica della laguna di Santa Gilla e la sua parziale trasformazione in salina, attivata nel 1931. Queste modifiche ridussero la superficie della laguna, comportarono la distruzione delle peschiere e l'unica comunicazione con il mare, posta all'altezza della Scafa, venne allargata per favorire lo smaltimento delle piene; infine venne scavato un canale navigabile per il trasporto del sale fino al porto commerciale di Cagliari.
Negli anni '60 gli scarichi derivanti dai complessi industriali chimici, meccanici e metalmeccanici, alimentari e di materiali per l'edilizia attestatisi lungo il perimetro della laguna e al tempo sprovvisti di depuratori, versavano acque ricche di sostanze inquinanti, a cui andava aggiunto il dilavamento di discariche minerarie ad opera del Rio Cixerri che sfociava nello stagno, nonché un imponente inquinamento organico derivante dallo sversamento di reflui urbani provenienti da numerosi centri abitati.
Negli anni '70 lo stato di degrado della laguna era tale che, a causa dell'inquinamento industriale (metalli pesanti), urbano (colera 1973) ed agricolo (drenaggio di acque contenenti pesticidi e nutrienti) la Capitaneria di Porto di Cagliari decretò nel 1974 "il divieto di pesca di qualsiasi tipo, ivi compresi i molluschi, la balneazione, l'immersione anche parziale delle persone a causa di infezione colerica, grado elevatissimo di inquinamento chimico e batteriologico di origine fecale con grave pericolo per la pubblica salute".
Per quanto attiene l'inquinamento più dannoso, quello da mercurio, la laguna è stata oggetto di un radicale intervento consistito nella rimozione, per uno spessore notevole, dei fanghi di fondo, che si ritiene sia valso ad eliminare in buona parte la causa inquinante. A seguito di ciò, l'attività di pesca ha potuto essere ripresa nel 1994 e affidata al Consorzio Ittico che svolge attività di produzione e commercializzazione dei prodotti. Con decreto n. 96 del 20 luglio 1978, è stata istituita nello "stagno" di Santa Gilla un'oasi permanente di protezione faunistica e di cattura ai sensi della legge regionale sulla caccia n. 32 del 28 aprile 1978.
La morfologia lagunare ha subito sensibili modificazioni anche a causa della realizzazione del Porto canale, progettato nel 1965, con una dimensione che avrebbe permesso alle navi l'accesso all'adiacente agglomerato industriale.
A causa dei protratti tempi di realizzazione (1975-2000) e del notevole impegno economico per la realizzazione di un primo lotto di lavori, unito alla realizzazione e potenziamento di altre infrastrutture portuali a livello transfrontaliero che hanno aumentato la concorrenza commerciale, attualmente il Porto canale ha perso ogni rapporto diretto con l'agglomerato industriale, costituendo semplicemente una nuova sezione del complesso portuale cagliaritano.
La realizzazione di questa infrastruttura ha modificato irrimediabilmente il cordone litorale di La Plaja, ha sottratto un'ampia superficie allo stagno e ha comportato l'ampliamento dell'area destinata alle vasche evaporanti prospicienti il Rio S. Lucia, riducendone il delta.
Attualmente, la laguna propriamente detta è estesa per 1200 ettari e gran parte dei deflussi dei principali immissari è convogliata nei due canali circondariali.
Di conseguenza, in anni scarsamente piovosi, i valori di salinità superano quelli marini causando gravi problemi legati alla presenza delle specie oggetto di pesca.
In questi ultimi decenni, la Regione Autonoma della Sardegna, al fine di migliorare le condizioni della laguna e di incentivarne la produzione ittica, è intervenuta attuando diverse modifiche tra le quali il già menzionato allontanamento dei principali inquinanti e delle loro fonti; la realizzazione dello sbarramento e dei lavorieri; la realizzazione di un canale per l'allontanamento di gran parte delle acque urbane inquinate sulla riva sinistra, di un canale per l'allontanamento delle acque di piena in eccesso e di uno adduttore di acqua marina sulla riva destra; la realizzazione di un depuratore e di uno schiuditoio per molluschi, di fabbricati per una buona gestione lagunare, di ampie aree perilagunari destinate ad impianti di gambericoltura estensiva e di un impianto di molluschicoltura sospesa a long-lines di 6000 m lineari.
Secondo i dati resi noti dalla VIª Commissione d'Indagine sullo stato e sulle prospettive produttive delle acque salmastre - C.R.S. (1981), la produzione ittica media comprendente sia la pesca fissa che quella vagantiva, valutabile in circa 17.000 q/anno nel periodo precedente il 1921, si ridusse a soli 3.000 q/anno tra il 1925 e la fine degli anni '50, per diminuire ulteriormente ed arrivare, nei primi anni '70, a soli 2.123 q/anno (Tab. 1). Successivamente, tra il 1980 e 1984, studi sperimentali riportavano una resa media annuale compresa tra 100 kg/ha/anno e 60 kg/ha/anno.
Attualmente, considerando sia i concessionari delle cooperative che gli abusivi, la resa media annuale è di circa 45 kg/ha/anno e i prodotti della pesca sono destinati prevalentemente al mercato locale.

Lista delle principali specie oggetto di pesca
Viene riportata di seguito la lista delle specie di maggiore importanza commerciale presenti nell'area comprendente la laguna di Santa Gilla, la bocca di comunicazione con il mare e la zona marina antistante il cordone dunale (spiaggia de "La Plaja") che divide la laguna dal Golfo di Cagliari.
Per ogni specie è stato riportato insieme con il nome scientifico quello volgare e, quando possibile, al fine di agevolare la lettura del materiale raccolto, quello dialettale.

Specie ittiche
ACCIUGA Engraulis encrasucholus (Linnaeus, 1758) - Nome dialettale: anciova
ANGUILLA Anguilla anguilla (Linnaeus, 1758) -Nome dialettale: anguidda
CEFALO Mugil cephalus Linnaeus, 1758 - Nome dialettale: lissa
GHIOZZO NERO Gobius niger Linnaeus, 1758 - Nome dialettale: maccioni
GHIOZZO PAGANELLO Gobius paganellus Linnaeus, 1758 - Nome dialettale: maccioni femminedda
LATTERINO Atherina boyeri Risso, 1810 - Nome dialettale: lattarina
MORMORA Lithognathus mormyrus (Linnaeus, 1758) - Nome dialettale: murmungioni
MUGGINE BOSEGA Chelon labrosus (Risso, 1826) - Nome dialettale: ollioni
MUGGINE DORATO Liza aurata (Risso, 1810) - Nome dialettale: conchedda de pischera
MUGGINE CALAMITA Liza ramada (Risso, 1826) - Nome dialettale: concheddu
MUGGINE MUSINO Liza saliens (Risso, 1810) - Nome dialettale: birimbula
ORATA Sparus aurata Linnaeus, 1758 - Nome dialettale: carina
SARDINA Sardina pilchardus Walbaum, 1792 - Nome dialettale: sardina
SOGLIOLA Solea vulgaris Quensel, 1806 -Nome dialettale: palaria
SPARLOTTA Diplodus annularis (Linnaeus, 1758) - Nome dialettale: sparedda
SPIGOLA Dicentrarchus labrax (Linnaeus, 1758) - Nome dialettale: spirrittu
SPIGOLA PUNTEGGIATA Dicentrarchus puntactus (Bloch, 1792) - Nome dialettale: spirrittu
SPINARELLO Gasterosteus aculeatus Linnaeus, 1758 - Nome dialettale: bocci procu
TRIGLIA DI FANGO Mullus barbatus Linnaeus, 1758 - Nome dialettale: triglia de fangu
TRIGLIA DI SCOGLIO Mullus surmuletus Linnaeus, 1758 - Nome dialettale: triglia de scogliu

Molluschi
CANNOLICCHIO Ensis ensis (Linnaeus, 1758)
CANNOLICCHIO Solen marginatus (Pennant, 1777) - Nome dialettale: gragalla
CAPA LUNGA Ensis minor (Chenu, 1843)
COZZA PELOSA Modiolus barbatus (Linnaeus, 1758) -Nome dialettale: muscula de perda
COZZA Mytilus galloprovincialis Lamarck, 1819 - Nome dialettale: muscula niedda
CUORE EDULE Cerastoderma glaucum (Bruguiére, 1789) - Nome dialettale: cocciula bianca
CUORE ROSSO Acanthocardia tuberculata (Linnaeus, 1758) - Nome dialettale: cocciula arrubia
LATTARO DI MARE Solecurtus strigilatus (Linnaeus, 1758) - Nome dialettale: cocciula a stugiu
MADIA BIANCA Mactra corallina (Linnaeus, 1758) - Nome dialettale: cocciula imbriaga bianca
MURICE Murex trunculus Linnaeus, 1758 - Nome dialettale: bucconi mascu
MURICE SPINOSO Murex brandaris Linnaeus, 1758 - Nome dialettale: bucconi spinosu o bucconi femmina
ORECCHIA DI S. PIETRO Haliotis lamellosa Lamarck, 1822 - Nome dialettale: origa de mari
TARTUFO DI MARE Venus verrucosa Linnaeus, 1758 -Nome dialettale: cocciula romana
VONGOLA Chamelea gallina (Linnaeus, 1758) - Nome dialettale: cocciula romana lisa
VONGOLA VERACE Ruditapes decussatus (Linnaeus, 1758) - Nome dialettale: cocciula niedda
VONGOLA GRIGIA Venerupis geographica (Gmelin, 1791)
VONGOLA GIALLA Venerupis aurea (Gmelin, 1791) - Nome dialettale: cocciula de latti

Crostacei
GAMBERO DI LAGUNA Palaemon adspersus Rathke, 1837 - Nome dialettale: cambaredda
GAMBERETTO ARAGOSTINO Palaemon serratus (Pennant, 1777) - Nome dialettale: cambara aligustina de fangu
GAMBERETTO SQUILLA Palaemon elegans Rathke, 1837 - Nome dialettale: cambaredda
GRANCHIO RIPARIO Carcinus aestuarii Nardo, 1847 - Nome dialettale: cavuru

Metodologie di pesca
La tecnica di pesca maggiormente praticata in laguna è quella vagantiva che viene esercitata con l'uso trappole e di reti da posta, a seconda della specie oggetto di cattura e della tipologia del fondo, utilizzando una caratteristica imbarcazione in legno a fondo piatto chiamata "ciu" (Foto 1).
Tra le trappole si annoverano nasse e bertavelli. In particolare la nassa di forma tronco conica, cubica, cilindrica o parallelepipeda, possiede un'apertura ad imbuto e viene utilizzata per la cattura di granchi, anguille e ghiozzi (Foto 2).
Il bertavello è un lungo cono (anche 5-6 metri) di rete a maglia stretta tenuto aperto da anelli, un tempo di legno e attualmente di materiale sintetico, con sistemi interni a gola di lupo realizzati in rete atti ad evitare la fuoriuscita della preda; dalla bocca esterna si dipartono due lembi di rete disposti in modo da indurre le prede, rappresentate fondamentalmente anguille, granchi e novellame, ad imboccare l'ingresso della trappola (Foto 3).
La rete da posta maggiormente utilizzata per la cattura dei muggini è rappresentata dal tremaglio, costituito da tre reti, di cui una interna o "panno" a maglie strette e due esterne a maglie larghe, fornite di galleggianti in superficie e di piombi alla base (Foto 4).
Una particolare struttura di pesca, denominata "long-lines", viene utilizzata per l'impianto e la crescita dei mitili o cozze, si tratta di lunghi filari forniti di galleggianti in plastica disposti a distanza regolare e ancorati al fondo con pesi morti (Foto 5).
Infine la raccolta delle arselle viene effettuata sia con un rastrello ed una rete a maglie fitte sia con setacci di forma quadrata o rettangolare alla cui struttura portante, in legno, è fissato un graticcio (Foto 6).
Nella laguna di Santa Gilla è sempre esistito ed esiste tuttora uno dei più importanti banchi naturali di vongola verace (Ruditapes decussatus) della Sardegna; l'introduzione della vongola filippina (Ruditapes philippinarum), caratterizzata da una maggiore velocità di crescita, ha causato in anni passati una diminuzione della specie autoctona, oggi fortunatamente incentivata.